Di sebuah pulau yang ada di kawasan laut Selatan, terdapat sebuah sekolah khusus untuk melatih duelist, dan sekolah bernama, Duel Academia High School. Di sana, tiap tingkatan dibagi menjadi tiga kelas, yaitu Obelisk Biru, kelas untuk para siswa dengan kemampuan di atas rata-rata, kemudian Ra Kuning untuk mereka yang bisa masuk dengan nilai bagus saat ujian masuk, dan terakhir adalah Osiris Merah, kelas dengan siswa berkemampuan paling rendah. "Bubble Shot!!" Seorang pemain memberi perintah pada monsternya untuk melancarkan serangan terakhir pada lawannya. Dan dengan itu, iapun menang. "Yeah!!!!" Pemuda itu tak lain adalah Judai Yuki, duelist kelas Osiris Merah yang merupakan tokoh utama serial ini. "Bagaimana pendapatmu tentang tembakkanku tadi, apa kau melihatnya?" Yuki bertanya ke rekan yang menonton di sebelahnya. "Seperti biasa, kau hebat, big bro! Yeah, aku juga akan menang sepertimu!" Ucap rekannya itu satu lagi siswa Osiris Merah bernama